L’Université Joseph KI-ZERBO accueille, du 26 août au 16 septembre 2023, une formation certifiante (Certificat RAM-BioInfo-One Health) en lien avec l’usage des antibiotiques selon l’approche One Health et la lutte contre l’antibiorésistance à l’aide les outils modernes de génomique et de bioinformatique. Cette formation structurante et qualifiante, qui se déroule dans le cadre du projet « Strengthening Expertise and Bioinformatics to Control Antimicrobial Resistance in West Africa (SEBA) », s’adresse aux étudiants, aux chercheurs, aux professionnels et aux acteurs intervenants dans le domaine spécifique de lutte contre la résistance aux antimicrobiens.
Concrètement, le Certificat RAM-BioInfo-One Health concerne les étudiants burkinabè et béninois. Il se déroule en deux séjours d’études. Le premier séjour a eu lieu, du 26 mai au 16 juin 2023, à l’Université d'Abomey-Calavi (UAC) au Bénin et la formation a porté sur la lutte contre la « Résistance aux antibiotiques et Approche One Health ». Le second séjour d’étude est celui du Burkina Faso qui se déroule, du 26 août au 16 septembre 2023, à l’Université Joseph Ki-Zerbo avec une sortie pédagogique au Laboratoire National de Référence pour la Résistance aux Antimicrobiens à Bobo-Dioulasso. Cette présente formation porte sur la « Génomique et Bio-informatique : application à la surveillance de la résistance aux antimicrobiens selon l’approche One Health ».
Selon Pr Isidore Juste Bonkoungou, Maître de Conférences en Microbiologie-Virologie, Directeur technique du Laboratoire Central de Référence à l’Institut National de Santé Publique, Coordonnateur du Projet/SEBA, cette formation est une nécessité. « Le projet a trois volets. Le premier volet concerne le renforcement des capacités. À cet effet, un laboratoire de dernière génération jusqu’au séquençage a été mis en place. Le deuxième volet, c’est le certificat. Pour ce volet, nous sommes en partenariat avec l’Université Joseph Ki-Zerbo et l’Université d’Abomey-Calavi. Les étudiants béninois et burkinabè seront outillés sur les nouvelles technologies de séquençage. Le dernier volet concerne la bio-informatique. Dans ce volet, l’université a bénéficié d’une plateforme. C’est le volet de la formation en bio-informatique et le séquençage qui nous réunis en ce moment. Pendant la pandémie de la Covid-19, c’est cette technologie qui nous a beaucoup aidé à trouver à identifier les variants et les vaccins. Nous avons eu l’appui de l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire. Trois de leurs experts sont venus nous accompagner. Pour cette formation, nous aurons vingt étudiants outillés sur la bio-informatique et la génomique. À l’issue de la formation, ils doivent être capables de répondre aux besoins des laboratoires nationaux, sous-régionaux et internationaux. Il faut souligner que, lors de cette formation, ils feront le séquençage du génome entier à l’Université Joseph KI-Zerbo. C’est une première au Burkina Faso pour le génome entier de bactéries multirésistantes et le séquençage à l’université Joseph Ki-Zerbo. Cela renforce la capacité de l’université à faire face aux défis actuels liés aux maladies. Nous attendons des étudiants qu’ils soient assidus et impliqués car, sur le plan technologique, nous sommes au même niveau d’apprentissage que les chercheurs du nord », a-t-il souligné.
Par ailleurs, il a invité les partenaires sectoriels à s’engager et à s’approprier les acquis du projet. « À l’université, nous produisons le savoir. Mais c’est aux partenaires sectoriels d’utiliser les résultats pour le bien-être de nos populations », a-t-il ajouté.
Pr Valérie Gbonon, au nom du Pr Mireille Dosso, Directrice de l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire et de la délégation des formateurs de ladite institution, a exprimé ses vives félicitations au Pr Isidore Juste Bonkoungou qui a œuvré à la mise en place de cette importante formation. Elle a témoigné sa gratitude pour cette formidable opportunité de collaboration avec l’Université Joseph KI-Zerbo et formulé l’espoir que cela marque le début d’une aventure exceptionnelle entre les deux institutions de recherche.
Pour Pr Patrice Zerbo, Directeur de l’Unité de Formation et de Recherches/Sciences de la Vie et de la Terre (UFR/SVT) de l’Université Joseph KI-Zerbo, cette formation certifiante est pertinente. « Nous saluons tous les organisateurs de ce certificat pour la pertinence de la formation. Les formateurs sont des experts du domaine. J’invite les étudiants à s’y impliquer. L’avenir du certificat dépend d’eux. Les micro-organismes ont changé et sont devenus résistants aux antibiotiques que nous avons créés. Il faut donc bien se former pour pouvoir nous trouver des solutions », a-t-il affirmé.
Par visioconférence, deux autres spécialistes ont assisté à la cérémonie de lancement de la formation. Il s’agit de : Pr Victorien Dougnon, Maître de Conférences en Microbiologie à l’Université d’Abomey-Calavi (Bénin) ; Pr Kaisa Haukka de l’Université d’Helsinki (Finlande). Ils ont tous apprécié la pertinence de la formation et souligné son importance pour le développement de solutions dans la surveillance et la lutte contre la résistance aux antimicrobiens.
La communication inaugurale, présentée par Pr Valérie Carole Gbonon, Responsable de la Plateforme de génétique moléculaire de l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire, a porté sur « le séquençage du génome entier au service de la surveillance d’agents pathogènes et de la résistance aux antimicrobiens ». Elle a noté que le séquençage du génome entier permet : de comprendre l’évolution et la circulation des agents pathogènes ; d’évaluer les risques (utilisé avec des données cliniques, épidémiologiques et des données de plusieurs autres sources) ; mettre au point des vaccins, des traitements, des tests diagnostiques ; de réaliser le profilage génétique des populations (arbre généalogique, criminologie, etc.).
En 2021, le Comité d’urgence du Règlement Sanitaire International (RSI) pour la Covid-19 a recommandé de renforcer les capacités mondiales de séquençage et d’encourager le partage rapide des données, y compris les métadonnées.
En outre, elle a fait remarquer que les techniques de laboratoire spécialisées, comme le séquençage génomique, sont de plus en plus utilisées dans la recherche et la gestion des maladies susceptibles de constituer des urgences ou des menaces de santé publique, notamment le choléra, la grippe, la maladie à virus Ébola, la méningite bactérienne et la poliomyélite.
Aussi, elle a indiqué que le séquençage du génome entier est un instrument la lutte contre la résistance aux antimicrobiens. Il permet : la détection, l’étude et le suivi rapide et efficace des bactéries résistantes aux antimicrobiens ; le renforcement du pouvoir épidémiologique du système de surveillance grâce à la comparaison des gènes séquencés avec des banque de données plus grandes pour la détection de gènes de résistance plus rares. Enfin, elle a précisé que le séquençage n’est pas utilisé de façon routinière, mais les progrès techniques permettront dans un futur proche d’établir des profils de résistance très rapidement.
Pour mémoire, cette formation vise à : former les étudiants du certificat RAM-Bioinfo-One Health à la production des données génomiques (RAM) de qualités en utilisant la technologie Oxford nanopore ; former les étudiants du certificat RAM-Bioinfo-One Health à l’analyse bio-informatique des données RAM issues du séquençage de la technologie Oxford nanopore ; former les étudiants du certificat RAM-Bioinfo-One Health sur le rôle du séquençage nouvelle génération dans la surveillance RAM dans l’approche One Health.
Du reste, le projet « Strengthening Expertise and Bioinformatics to Control Antimicrobial Resistance in West Africa (SEBA) », est conduit par des universités du Burkina Faso, du Bénin et de la Finlande. Il est financé par l’Union Européenne (ERSAMUS+) à hauteur d’un million d’euros (environ 650 millions F CFA).
Il est porté par l’Université Joseph Ki-Zerbo (Burkina Faso), l’Université Nazi Boni (Burkina Faso), l’Université d’Helsinki (Finlande), l’Université de Montpellier (France), l’Université d’Abomey-Calavi (Bénin), l’Université de Parakou (Bénin), l’Université Nationale d’Agriculture (Bénin).
Jean-Yves Nébié
